| 1 | Drūkšių ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 44,21 km² | 33,3 m | |
| 2 | Dusios ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 23,23 km² | 32,4 m | |
| 3 | Vištyčio ežeras | - | 17,86 km² | 54 m | |
| 4 | Sartų ežerasRokiškio r. | Rokiškio r. | 12,19 km² | 20,9 m | |
| 5 | Platelių ežerasPlungės r. | Plungės r. | 11,95 km² | 47 m | |
| 6 | Rėkyvos ežerasŠiaulių m. | Šiaulių m. | 11,83 km² | 4,5 m | |
| 7 | Asvejos ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 10,04 km² | 50,2 m | |
| 8 | Didžiulio ežerasAlytaus r. | Alytaus r. | 8,84 km² | 44 m | |
| 9 | Galuonų ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 5,83 km² | 17,6 m | |
| 10 | Siesarčio ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 5,07 km² | 37,8 m | |
| 11 | Tauragno ežerasUtenos r. | Utenos r. | 5,06 km² | 62,5 m | |
| 12 | Švento ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 4,19 km² | 18,2 m | |
| 13 | Paežerių ežerasVilkaviškio r. | Vilkaviškio r. | 3,95 km² | 15 m | |
| 14 | Bebrusų ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 3,73 km² | 24 m | |
| 15 | Galvės ežerasTrakų r. | Trakų r. | 3,54 km² | 46,7 m | |
| 16 | Vilkokšnio ežerasTrakų r. | Trakų r. | 3,28 km² | 23,6 m | |
| 17 | Vievio ežerasElektrėnų sav. | Elektrėnų sav. | 2,97 km² | 33 m | |
| 18 | Arimaičių ežerasRadviliškio r. | Radviliškio r. | 2,82 km² | 18,7 m | |
| 19 | Masčio ežerasTelšių r. | Telšių r. | 2,74 km² | - | |
| 20 | Akmenos ežerasTrakų r. | Trakų r. | 2,73 km² | 30,2 m | |
| 21 | Dūrių ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 2,7 km² | 23 m | |
| 22 | Ažvinčio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 2,68 km² | 23 m | |
| 23 | Alaušų ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 2,59 km² | 16,2 m | |
| 24 | Giluičio ežerasAlytaus r. | Alytaus r. | 2,32 km² | 22 m | |
| 25 | Visagino ežerasVisagino sav. | Visagino sav. | 2,22 km² | - | |
| 26 | Viešinto ežerasAnykščių r. | Anykščių r. | 1,99 km² | - | |
| 27 | Paršežerio ežerasŠilalės r. | Šilalės r. | 1,96 km² | 4,4 m | |
| 28 | Kalvių ežerasKaišiadorių r. | Kaišiadorių r. | 1,82 km² | 7 m | |
| 29 | Paežerių ežerasŠiaulių r. | Šiaulių r. | 1,55 km² | 6,6 m | |
| 30 | Avirio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 1,41 km² | 32,8 m | |
| 31 | Alsakio ežerasTrakų r. | Trakų r. | 1,27 km² | 4 m | |
| 32 | Lampėdžio ežerasKauno m. | Kauno m. | 1,26 km² | - | |
| 33 | Gavio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 1,25 km² | 39 m | |
| 34 | Žaslių ežerasKaišiadorių r. | Kaišiadorių r. | 1,07 km² | 9,5 m | |
| 35 | Verniejaus ežerasTrakų r. | Trakų r. | 1,06 km² | 52,2 m | |
| 36 | Luokesų ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 1,05 km² | 43,8 m | |
| 37 | Kiemento ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 1 km² | 7,3 m | |
| 38 | Vastapo ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 99 ha | - | |
| 39 | Alksno ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 90 ha | 21,2 m | |
| 40 | Širvio ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 87 ha | - | |
| 41 | Kilučių ežerasBiržų r. | Biržų r. | 85 ha | - | |
| 42 | Kairių ežerasŠiaulių r. | Šiaulių r. | 83 ha | - | |
| 43 | Lukos ežerasTrakų r. | Trakų r. | 79 ha | - | |
| 44 | Sarių ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 78 ha | - | |
| 45 | Linkmeno ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 75 ha | - | |
| 46 | Ilgio ežerasAlytaus r. | Alytaus r. | 74 ha | - | |
| 47 | Žaleso ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 69 ha | - | |
| 48 | Grabuosto ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 66 ha | - | |
| 49 | Vilnojos ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 66 ha | - | |
| 50 | Dusyno ežerasUtenos r. | Utenos r. | 65 ha | - | |
| 51 | Imbrado ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 61 ha | - | |
| 52 | Talkšos ežerasŠiaulių m. | Šiaulių m. | 56 ha | - | |
| 53 | Ilgajo ežerasUkmergės r. | Ukmergės r. | 56 ha | - | |
| 54 | Jūžinto ežerasRokiškio r. | Rokiškio r. | 50 ha | - | |
| 55 | Klykių ežerasUtenos r. | Utenos r. | 48 ha | - | |
| 56 | Bridvaišio ežerasKelmės r. | Kelmės r. | 45 ha | - | |
| 57 | Zalvio ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 43 ha | - | |
| 58 | Gulbino ežerasVilniaus m. | Vilniaus m. | 37 ha | - | |
| 59 | Veprių ežerasUkmergės r. | Ukmergės r. | 37 ha | - | |
| 60 | Giliaus ežerasKelmės r. | Kelmės r. | 37 ha | - | |
| 61 | Kliepšių ežerasUkmergės r. | Ukmergės r. | 36 ha | - | |
| 62 | Sravinaičio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 35 ha | - | |
| 63 | Labės ežerasUtenos r. | Utenos r. | 34 ha | - | |
| 64 | Vilniškių ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 32 ha | - | |
| 65 | Sedos ežerasMažeikių r. | Mažeikių r. | 32 ha | - | |
| 66 | Vyžuonos ežerasRokiškio r. | Rokiškio r. | 26 ha | - | |
| 67 | Gelūžės ežerasVilniaus m. | Vilniaus m. | 26 ha | - | |
| 68 | Balžio ežerasVilniaus m. | Vilniaus m. | 21 ha | - | |
| 69 | Gėlos ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 20 ha | - | |
| 70 | Pašvinio ežerasŠiaulių r. | Šiaulių r. | 19 ha | - | |
| 71 | Dumblio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 19 ha | - | |
| 72 | Ungurio ežerasTrakų r. | Trakų r. | 18 ha | - | |
| 73 | Ragožės ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 18 ha | - | |
| 74 | Geluvos ežerasŠiaulių r. | Šiaulių r. | 17 ha | - | |
| 75 | Kermėžio ežerasUtenos r. | Utenos r. | 17 ha | - | |
| 76 | Pastovio ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 16 ha | - | |
| 77 | Dapų ežerasTrakų r. | Trakų r. | 16 ha | - | |
| 78 | Gineitiškių ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 14 ha | - | |
| 79 | Dauniškio ežerasUtenos r. | Utenos r. | 12 ha | - | |
| 80 | Vėlykščio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 9,6 ha | - | |
| 81 | Statkūniškės ežerasKaišiadorių r. | Kaišiadorių r. | 8,1 ha | - | |
| 82 | Ašarėlio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 7,7 ha | - | |
| 83 | Kašučių ežerasKretingos r. | Kretingos r. | 7,6 ha | - | |
| 84 | Vyžuonaičio ežerasUtenos r. | Utenos r. | 7,6 ha | - | |
| 85 | Gilušio ežerasTrakų r. | Trakų r. | 7,4 ha | - | |
| 86 | Bedugnio ežerasRokiškio r. | Rokiškio r. | 6,4 ha | - | |
| 87 | Pastovėlio ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 5,8 ha | - | |
| 88 | Medinio ežerasKelmės r. | Kelmės r. | 3,6 ha | - | |
| 89 | Mažosios Dailidės ežerasAlytaus m. | Alytaus m. | 3,1 ha | - | |
| 90 | Prūdelio ežerasŠiaulių m. | Šiaulių m. | 3 ha | - | |
| 91 | Dvarčionių ežerasVilniaus m. | Vilniaus m. | 2 ha | - | |