| 1 | Dusios ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 23,23 km² | 32,4 m | |
| 2 | Vištyčio ežeras | - | 17,86 km² | 54 m | |
| 3 | Metelio ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 12,97 km² | 15 m | |
| 4 | Luodžio ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 12,86 km² | 18,4 m | |
| 5 | Sartų ežerasRokiškio r. | Rokiškio r. | 12,19 km² | 20,9 m | |
| 6 | Platelių ežerasPlungės r. | Plungės r. | 11,95 km² | 47 m | |
| 7 | Alaušo ežerasUtenos r. | Utenos r. | 10,64 km² | 42 m | |
| 8 | Asvejos ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 10,04 km² | 50,2 m | |
| 9 | Lūksto ežerasTelšių r. | Telšių r. | 9,85 km² | 17 m | |
| 10 | Rubikių ežerasAnykščių r. | Anykščių r. | 9,33 km² | 16,1 m | |
| 11 | Stirnių ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 8,56 km² | 35,1 m | |
| 12 | Dringio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 7,08 km² | 24 m | |
| 13 | Baltųjų Lakajų ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 7,07 km² | 45 m | |
| 14 | Aiseto ežerasUtenos r. | Utenos r. | 5,65 km² | 40 m | |
| 15 | Veisiejo ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 5,54 km² | 33,8 m | |
| 16 | Kertuojų ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 5,4 km² | 5,2 m | |
| 17 | Siesarčio ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 5,07 km² | 37,8 m | |
| 18 | Žeimenio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 4,44 km² | 23,5 m | |
| 19 | Arino ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 4,42 km² | 18,3 m | |
| 20 | Ančios ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 4,34 km² | 26 m | |
| 21 | Baluošo ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 4,25 km² | 33,1 m | |
| 22 | Paežerių ežerasVilkaviškio r. | Vilkaviškio r. | 3,95 km² | 15 m | |
| 23 | Juodųjų Lakajų ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 3,9 km² | 32,8 m | |
| 24 | Bebrusų ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 3,73 km² | 24 m | |
| 25 | Lūšių ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 3,53 km² | 37 m | |
| 26 | Vilkokšnio ežerasTrakų r. | Trakų r. | 3,28 km² | 23,6 m | |
| 27 | Zaraso ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 3,27 km² | 36,6 m | |
| 28 | Širvėnos ežerasBiržų r. | Biržų r. | 3,05 km² | 3,5 m | |
| 29 | Skaisčio ežerasTrakų r. | Trakų r. | 2,98 km² | 32 m | |
| 30 | Asalnų ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 2,62 km² | 33 m | |
| 31 | Baluošo ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 2,39 km² | - | |
| 32 | Giluičio ežerasAlytaus r. | Alytaus r. | 2,32 km² | 22 m | |
| 33 | Visagino ežerasVisagino sav. | Visagino sav. | 2,22 km² | - | |
| 34 | Peršokšnų ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 2,13 km² | 32,5 m | |
| 35 | Uteno ežerasUtenos r. | Utenos r. | 2,04 km² | 21 m | |
| 36 | Snaigyno ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 2,03 km² | 24,9 m | |
| 37 | Paršežerio ežerasŠilalės r. | Šilalės r. | 1,96 km² | 4,4 m | |
| 38 | Šlavanto ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 1,9 km² | 28,8 m | |
| 39 | Rašios ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 1,86 km² | 25 m | |
| 40 | Asavo ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 1,77 km² | 6,9 m | |
| 41 | Ilgių ežerasElektrėnų sav. | Elektrėnų sav. | 1,74 km² | - | |
| 42 | Navos ir Negasčiaus ežerasTrakų r. | Trakų r. | 1,57 km² | - | |
| 43 | Lavyso ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 1,54 km² | 10,2 m | |
| 44 | Auslo ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 1,53 km² | 8 m | |
| 45 | Pakaso ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 1,49 km² | 17 m | |
| 46 | Vilkinio ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 1,45 km² | 15,1 m | |
| 47 | Avirio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 1,41 km² | 32,8 m | |
| 48 | Lampėdžio ežerasKauno m. | Kauno m. | 1,26 km² | - | |
| 49 | Almajo ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 1,05 km² | 10,5 m | |
| 50 | Alnio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 1,02 km² | 22 m | |
| 51 | Mūšėjaus ežerasAnykščių r. | Anykščių r. | 90 ha | - | |
| 52 | Didysų Siaurio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 86 ha | - | |
| 53 | Latežerio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 84 ha | - | |
| 54 | Šakarvų ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 77 ha | - | |
| 55 | Linkmeno ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 75 ha | - | |
| 56 | Totoriškių ežerasTrakų r. | Trakų r. | 75 ha | - | |
| 57 | Lakajos ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 73 ha | - | |
| 58 | Glūko ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 67 ha | - | |
| 59 | Grabuosto ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 66 ha | - | |
| 60 | Asalnykščio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 65 ha | - | |
| 61 | Balto ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 64 ha | - | |
| 62 | Mažasų Siaurio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 59 ha | - | |
| 63 | Labanoro ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 58 ha | - | |
| 64 | Giedavardžio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 53 ha | - | |
| 65 | Zelvos ežerasElektrėnų sav. | Elektrėnų sav. | 46 ha | - | |
| 66 | Bridvaišio ežerasKelmės r. | Kelmės r. | 45 ha | - | |
| 67 | Gailieko ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 40 ha | - | |
| 68 | Merguvos ežerasPagėgių sav. | Pagėgių sav. | 39 ha | - | |
| 69 | Giliaus ežerasKelmės r. | Kelmės r. | 37 ha | - | |
| 70 | Sravinaičio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 35 ha | - | |
| 71 | Galono ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 34 ha | - | |
| 72 | Politiškių ežerasUtenos r. | Utenos r. | 33 ha | - | |
| 73 | Slavino ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 32 ha | - | |
| 74 | Keročio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 32 ha | - | |
| 75 | Juodikio ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 29 ha | - | |
| 76 | Ilgio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 27 ha | - | |
| 77 | Zalvės ežerasRokiškio r. | Rokiškio r. | 26 ha | - | |
| 78 | Sekluočio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 25 ha | - | |
| 79 | Ilgio ežerasLazdijų r. | Lazdijų r. | 19 ha | - | |
| 80 | Geluvos ežerasŠiaulių r. | Šiaulių r. | 17 ha | - | |
| 81 | Dusyno ežerasAnykščių r. | Anykščių r. | 17 ha | - | |
| 82 | Trilypio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 16 ha | - | |
| 83 | Baltelio ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 16 ha | - | |
| 84 | Glyno ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 16 ha | - | |
| 85 | Mekšrinio ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 15 ha | - | |
| 86 | Skaidrio ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 14 ha | - | |
| 87 | Karačiunkos ežerasIgnalinos r. | Ignalinos r. | 14 ha | - | |
| 88 | Samanio ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 13 ha | - | |
| 89 | Beržuvio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 13 ha | - | |
| 90 | Ešerinio ežerasMolėtų r. | Molėtų r. | 12 ha | - | |
| 91 | Ūlos ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 11 ha | - | |
| 92 | Kastinio ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 11 ha | - | |
| 93 | Žiežulio ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 9,4 ha | - | |
| 94 | Elniakampio ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 9,3 ha | - | |
| 95 | Bėlaičio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 8,3 ha | - | |
| 96 | Denionių ežerasAnykščių r. | Anykščių r. | 7,9 ha | - | |
| 97 | Ašarėlio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 7,7 ha | - | |
| 98 | Druskonio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 7,6 ha | - | |
| 99 | Gilušio ežerasTrakų r. | Trakų r. | 7,4 ha | - | |
| 100 | Salduškio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 7,3 ha | - | |
| 101 | Mergelių akelių ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 7,1 ha | - | |
| 102 | Guopsto ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 6,5 ha | - | |
| 103 | Pakelinio ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 5,3 ha | - | |
| 104 | Ilgio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 4,4 ha | - | |
| 105 | Kuleinio ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 4,2 ha | - | |
| 106 | Ešerinio ežerasVarėnos r. | Varėnos r. | 3,6 ha | - | |
| 107 | Medinio ežerasKelmės r. | Kelmės r. | 3,6 ha | - | |
| 108 | Šilo ežerasPasvalio r. | Pasvalio r. | 2,8 ha | - | |
| 109 | Kaltanio ežerasŠvenčionių r. | Švenčionių r. | 2,6 ha | - | |
| 110 | Dambos ežerasŠilutės r. | Šilutės r. | 1,7 ha | - | |
| 111 | Šetekšnėlio ežerasRokiškio r. | Rokiškio r. | 1,6 ha | - | |
| 112 | Aimelio ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 1,6 ha | - | |
| 113 | Luodžio ežerasZarasų r. | Zarasų r. | 0,78 ha | - | |
| 114 | Šeškučių ežerasVilniaus r. | Vilniaus r. | 0,73 ha | - | |
| 115 | Mergelių Akio ežerasDruskininkų sav. | Druskininkų sav. | 0,63 ha | - | |
| 116 | Pliauškinių ežerasPrienų r. | Prienų r. | 0,34 ha | - | |